Tại thời điểm phát triển ban đầu của nó, giấy phép của MINIX được coi là khá tự do. Giấy phép của nó có giá rất nhỏ ($69) so với các hệ điều hành khác. Mặc dù Tanenbaum mong cho MINIX có thể tiếp cận dễ dàng với các sinh viên, bản phát hành của ông đã không được chuẩn bị để cung cấp tài liệu (chẳng hạn như mã nguồn) có thể sao chép một cách tự do, do đó, một giấy phép hạn chế đòi hỏi một khoản phí danh nghĩa (bao gồm giá của cuốn sách của Tanenbaum) đã được áp dụng như là một sự thỏa hiệp. Điều này ngăn chặn việc sử dụng MINIX làm cơ sở cho một hệ thống phân phối phần mềm tự do.

Khi các hệ điều hành tự do nguồn mở tương tự Unix như Linux và 386BSD có mặt vào đầu những năm 1990, nhiều nhà phát triển tình nguyện đã rời bỏ MINIX chuyển sang một trong số đó. Tháng 4/2000, MINIX đã trở thành phần mềm tự do/mã nguồn mở dưới một giấy phép phần mềm tự do,[18] Nhưng do thời gian này hệ điều hành khác đã vượt qua khả năng của nó, và nó vẫn chủ yếu là một hệ điều hành cho sinh viên và người có đam mê